Après le massacre de Raçak, le 15 janvier 1999, au cours duquel une cinquantaine de civils kosovars auraient été délibérément massacrés selon William Walker, le chef de la mission de l’OSCE au Kosovo (le gouvernement serbe affirmait quant à lui qu’il s’agissait de militaires tués au combat), les gouvernements des pays du « groupe de contact » – États-Unis, Royaume-Uni, Allemagne, France, Italie et Russie – recherchent une solution à la crise du Kosovo. L’enjeu est à la fois d’imposer à la République de Serbie l’autonomie du Kosovo et le respect des libertés fondamentales de ses habitants.
Ce processus conduira à la conférence de Rambouillet, du 6 au 23 février 1999. Serbes et Kosovars réussissent à s’entendre sur l’organisation d’élections libres, d’un auto-gouvernement, d’une assemblée, d’un président, d’une justice et de forces de police spécifiques. Mais les négociations vont échouer sur deux points : le Kosovo demande une reconnaissance explicite de son indépendance, et l’OTAN exige une présence militaire au Kosovo. Un autre round de négociations à Rambouillet, du 15 au 19 mars, échoue à son tour.
L’OTAN lance le 24 mars une campagne aérienne de bombardements baptisée « Opération forces alliées ». Prévus pour quelques jours, afin de ramener par la force Belgrade à composition, les bombardements dureront finalement 78 jours, Slobodan Milosevic ayant décidé de répondre en déclenchant au Kosovo une offensive militaire de grande envergure. Plusieurs centaines de milliers d’Albanophones prennent la fuite.
Le 3 juin, un accord sur la fin du conflit est conclu avec la Serbie. Le 10 juin, le Conseil de Sécurité des Nations Unies décide de l’envoi d’une présence internationale civile et militaire au Kosovo. Le même jour, l’OTAN met fin à ses frappes militaires. Les forces serbes commencent à se retirer du Kosovo, progressivement remplacées par la KFOR, sous mandat des Nations Unies. La résolution 1244 stipule que la Mission des Nations Unies au Kosovo a pour mission d’intervenir dans tous les domaines de l’administration civile, ce que le Secrétaire Général des Nations Unies précise en indiquant que la mission est investie de tous les pouvoirs, exécutif, législatif et judiciaire.
Ainsi, pour la première fois de l’histoire, les Nations Unies se voient confier une mission qui ne consiste pas seulement à maintenir la paix, mais aussi à la construire dans toutes ses dimensions. C’est le brésilien Sergio Vieira de Mello qui sera le premier Représentant Spécial du Secrétaire général des Nations Unies, suivi par Bernard Kouchner dès le 25 juillet 1999. La résolution 1244 confirme également les responsabilités de l’OSCE au Kosovo, celle-ci devant jouer un rôle directeur en matière de construction institutionnelle et des droits de l’homme.